過去に凄惨な事件を追って心に傷を負ったルポライターは、ある少年について調べ始める。少年には、他人の記憶を見る特殊能力があるかもしれないというのだが...。
高校生の宮下藤花の中に現れる、別の人格ブギーポップ。彼女の恋人、竹田啓司は、世界に危機が迫っていることを知らされる。都市伝説の死神が今、現実となる...。
時間を超え、2388年に転送された渋谷の中心地。未来人組織アーヴに属するミロに選ばれた高校生、大介と仲間達は、未来人リヴィジョンズと戦うよう促される。
氷に囲まれた小さな集落から大都会へとひっこしてきた、いたずら好きのペンギン、ピングー。そのこうき心と思いやりで、毎回思わぬ大そうどうを巻き起こすよ!
天空に一筋の光が立ち上がった夜、少年少女たちが姿を消す。奇妙なウワサが立ち、不可解な出来事が起こり始めるが、答えを知るのは死神、ブギーポップのみ。