のび太が見つけた化石から、なんと双子の恐竜の赤ちゃんが誕生。すくすく大きくなる2匹を元の時代に返すため、のび太は仲間たちと一緒に6600万年前へと出発。恐竜世界で大冒険が始まる!
月へやってきたのび太たちは、そこに隠れ住むエスパルという不思議な力を持つ種族と仲良くなる。ところが、謎の宇宙船にエスパルたちがさらわれてしまい...。
太平洋上に突然現れた謎の島に眠る秘宝を探しに、船で大海原へ繰り出したのび太たち。ところが、もう少しで島に上陸というところで海賊に襲われてしまう。
レジェンドブレーダーを目指す2人の兄弟は、世界中のレジェンドたちをたおしてみせると宣言。最強を夢見る2人が、熱いバトルでベイブレードに革命を起こす!
おそろしい"もののけ"がすむといわれる不気味な島。ある日、人間の赤ちゃんがこの島に迷いこむが、実はもののけたちの方も人間におびえて暮らしていたらしく...。