手を取り合って旅に出た、人間の少女とヴァンパイアの女王。2人が目指すのは、人間とヴァンパイアが平和に共存できるという未知の"楽園"。
2045年、草薙素子と公安9課のメンバーたちが新たな脅威に立ち向かってゆく。「攻殻機動隊 SAC_2045」のシーズン1を劇場用に再構成した長編アニメーション。
恐るべき力を秘めた土地・烏森(からすもり)に建つ学園を舞台に、400年前から現れ続ける妖(あやかし)に立ち向かう結界師一族の後継者、良守と時音の活躍を描く。
世界に降り注いだ原因不明の泡によって重力が壊れ、ライフラインも断たれた東京。特別な才能を持つ少年が、ひとりの不思議な少女と運命的な出会いを果たす。
人類は星間戦争によって滅亡の危機に陥り、宇宙戦艦ヤマトは地球を救う術を求めてはるか遠い惑星へと銀河を超えた旅に出る。人類最後の希望はヤマトに託された。