夏休みを過ごすため自然豊かな森にやって来たリトル家。だがそこで、ネコのスノーベルがこわい動物に連れ去られるのを目にしたスチュアートは、スカンクのリコと救出作戦に乗り出す。
タップダンスを踊るペンギン、マンブルが戻ってきた! マンブルの息子エリックが自分の居場所を見つけられずに悩むなか、ペンギンたちの王国に大きな危機が迫る。
人間に育てられた熊のブーグはひょんなことから野生に帰されてしまう。森での生活になじめないブーグは人間の元に戻るべく鹿のエリオットと共に町を目指すが…。
仲間が皆家族と共に過ごすことになり、1人で出かけたクマのブーグ。サーカス団に出会い、脱走した団員ダグの身代わりとしてサーカスに出演することに。
取り壊しの進む団地ごと海を漂流することになった小学生たち。それぞれが自分自身と向き合い、力を合わせて元の世界へ戻ることができるのか。ひと夏の冒険が始まる。