パンドラボックスを取り返すため、新世界にエボルトの兄・キルバスが現れる。龍我とエボルトのバディは、全宇宙をほろぼそうとするキルバスを止められるのか?
人間の体を巨大で凶暴な虫に変える奇病が確認されてから30年。虫を狩ることを生業とする駆除屋の青年は1人の少女と出会い、彼女の母親を捜し出すと約束する。
世界中で大ブームのダイブ型VRMMO、Infinite Dendrogram。現実との区別がつかないほどリアルな仮想世界で、1人の青年が無限の可能性に満ちた冒険の扉を開ける。
バラバラ殺人事件の被害者は、いつも無邪気な"チワワちゃん"だった。遊び仲間たちはチワワの思い出を語るが、それぞれの記憶の中の彼女の姿は全く異なっていた。
殺意を感知するシステムを使い、犯人の深層心理に入って事件を推理する名探偵。頻発する凶悪事件の謎を追うほどに、殺人鬼の影と本当の闇があらわになってゆく。